預熱的準備：將蒸汽管道中冷凝水及雜物排放干凈的飽和蒸汽，送入蒸餾水機的加熱蒸汽管道，排凈各效積水，打開后一效排放殘液手動球閥，使進入設備的蒸汽壓力達到0.3Mpa。預熱5分鐘后，然后開大蒸汽手閥使進入設備的蒸汽壓力達到0.4Mpa以上。控制箱送入380V交流電源，壓縮空氣大于0.5Mpa送入。
開車：打開控制箱電源，把“自動”鈕旋至“開”位，將“運行”鈕旋至“開”位，當原料水箱的水位、蒸餾水儲罐的水位、加熱蒸汽壓力、壓縮空氣壓力、一效水位五項指標符合開機條件時，蒸餾水機將按預定程序進行自動操作，按順序啟動水泵、原料水閥、冷卻水閥等。
正常運行：開車一段時間后，蒸汽壓力表顯示大于0.3Mpa，進水量隨著蒸汽壓力的增加而漸漸增加，且進水流量符合參數表值，蒸餾水機上各控制點溫度顯示T0>T1>T2>T3>T4>T5，蒸留水溫度逐漸增至95℃，當蒸餾水溫度繼續升高時，冷卻水閥自動啟動。延時一段時間后，蒸餾水溫度大于90℃，蒸餾水電導率小于1us／cm時，蒸餾水管路上的氣動二位三通閥自動地把蒸餾水從排放管道切換至合格蒸餾水管道，輸送至注射用水儲罐。
列管多效蒸餾水機機器運行時各指示燈工作含義：
電源燈亮：表示電源已開啟；
自動燈亮：表示機器進入自動運行狀態；
運行燈亮：表示水泵在運轉；
手排水燈亮：表示正在手動強制排水；
出蒸汽燈亮：表示正在排放純蒸汽；
消毒燈亮：表示正在消毒，此時進水量比較小，整機溫度大于l00℃；
加熱燈亮：表示機器已經運行，料水進入機器，機器開始升溫；
排水燈亮：表示蒸餾水溫度低于90℃或蒸餾水電導率高于lus／cm，機器正 在排水；
蒸餾燈亮：表示蒸餾水溫度和電導率符合要求，機器正在產出合格蒸餾水；
料水儲罐水位低燈亮：表示原料水不足；
蒸餾水儲罐水滿燈亮：表示蒸餾水儲罐已裝滿；
蒸汽壓力低燈亮：表示蒸汽壓力過低；
壓縮空氣壓力低燈亮：表示壓縮空氣壓力過低：
一效水位高燈亮：表示蒸餾水機效下部水位過高。
停車：在自動狀態下關閉加熱蒸汽閥門，機器會自動關機，水泵及其它部件發生故障時也應立即停車。把“運行”按鈕旋至“關”位，“手排水”鈕旋至“開”位，此時機器的進料水泵停止運轉，蒸餾水流向排放管道。若停車后不再運行，則要關閉控制箱“電源”鎖，切斷總電源。
列管多效蒸餾水機手動操作規程：
預熱及準備：將蒸汽管道中冷凝水及雜物排放干凈的飽和蒸汽送入蒸餾水機的加熱蒸汽管道，排凈各效積水，打開后一效排放殘液手動球閥，使進入設備的蒸汽壓力達到0.3Mpa。預熱5分鐘后，然后開大蒸汽手閥使進入設備的蒸汽壓力達到0.4Mpa以上。控制箱送入380V交流電源，壓縮空氣大于0.5Mpa送入。
開車：
把所有操作鈕旋至“關”位；
把“電源”鈕旋至“開”位，“手排水”鈕旋至“開”位；
把“運行”鈕旋至“開”位，此時進料水泵啟動；
調節進料水手動調節閥，調節進水量500L／h，保證蒸汽壓力0.3Mpa，蒸餾水溫度95℃時，增大進水量至1100-1300L／h，保證蒸汽壓力0.3Mpa，蒸餾水溫度95℃(如果溫度過高可用冷卻水手動閥調節冷卻水水量來控制)，當蒸餾水電導率小于1us／CM，且持續一段時間后，把“手排水”鈕旋至“關”位，蒸餾水進入蒸餾水儲罐。
停車：
把“手排水”鈕旋至“開”位；
關小進水閥，使進料水量降至100L／h；
把“運行”鈕旋至“關”位。水泵停止，關閉蒸汽閥門及管路總閥；
把“電源”鈕旋至“關”位，切斷總電源。
